Pura Watu Klotok merupakan salah satu Pura Kahyangan Jagat yang ada di Bali, sebagai sthama Ida Bhatara Brahma atau Pesanggrahan Ida Betara Besakih. Pura Watu Klotok memiliki fungsi ganda sebagai “linggih pesucian Ida Betara Besakih” sesuai dengan ucap raja Purana Besakih, dan juga sebagai tempat ” Nangkek Merana ” sebagai mana dipaparkan dalam lontar Dewa Purana Bangsal dengan diselenggarakannya ” Aci Rutin” setiap tahun pada Purnamaning ke Lima yakni upacara pangusabhan.
Pura Watu klotok sebelum dipugar menempati areal seluas 1. 060.4 M 2 dengan bangunan-bangunan :
Bangunan/pelinggih pokok : Meru Tumpeng lima, Padma Sana, Gedong Alit, ( pengayengan ulundanu, pelinggih   Bethara lingsir, Sapta Petala, Ngerurah, Panggungan, Lumbung, Linggih Sapu Jagat, Pesamuhan, Apit Lawang, Linggih Bethara Seghara.
Bangunan Pelengkap : Bale Pawedan, Bale Gong, Bale Pemendak.Pura Watu Klotok dengan sasaran pemugaran dengan kondisi Pura Watu Klotok sebagai tersebut diatas sebagai wajud refleksi dari Ista DewataNya, maka sasaran pemugaran menyangkut pada :
Perluasan Luas semula adalah 1.060.4 M2 diperluas menjadi 1.248 M2 dengan memanfaatkan tanah Due yang berada di sebelah Barat Pura.
Penataan areal Pura, struktur Pura Watu Klotok mengikuti pola pembagian Areal atas dasar Trimandala, yakni : Utama Mandala/jeroan; Madya mandala/Jaba tengah; Nista Mandala/Jaba pisan.
Penataan bangunan, memperjelas pembagian dalam Trimandala ini, masing-masing bagian dipisahkan oleh tembok penyengker yang dilengkapi dengan jandi Bentar sebagai jalan masuk dari jaba pisan ke jaba tengah dan Puri Agung untuk jalan masuk dari jabe tengah ke Jeroan.
Bangunan/pelinggih pelengkap yang akan dibangun, yaitu : Utama mandala, PadmaSana, Meru Tumpeng Lima ( Pesanggrahan Ida Bethara Besakih), Gedong Alit Pule, Meru Tumpeng Lima ( Pengayengan Ida Bethari khundama), linggih Ida Bethara lingsir Sapta Petala, Ngerurah, Panggungan, Pelinggih sapu Jagat, bale Pesamuan, Bale Pesandekan, Bale Pawedan. Madya Mandala : Api Lawang, Bale Gong, Bale Pemendak, Bale Kulkul, Gelang Kuri. Nista Mandala : Bale Pawedan, Panggungan, Linggih Sang Hyang Kala Sunya, Pesimpangan Dalem Ped. Pesucian : Lumbung Bale Petandingan, Perantenan, Linggih Bethari Sri Sedana.